新农合（城乡居民医保）的资金不会在年底清零 。从2018年开始，新农合设立了个人社保账号，并办理了社保卡，这意味着新农合费用如果当年有剩余，可以结转到下一年继续使用。如果某年断交新农合，接着再交时必须补交上一年的费用，包括个人部分和国家补贴部分。此外，新农合的资金也不会因为年度结束而清零，未用完的资金可以累积到下一年使用。

因此，农合医保在年底不会清零，参保农民可以放心使用当年的医保额度，并且未使用的资金可以结转到下一年。建议参保农民按时缴纳医保费用，以确保连续享受医疗保障待遇。