2040年以后灵活就业养老保险的最低缴费年限不一定是25年。根据公开发布的信息，养老保险最低缴费年限的调整是一个渐进的过程，并且具体政策可能因地区和时间的不同而有所差异。

目前，灵活就业人员参加养老保险的最低缴费年限为15年。然而，从2030年起，这一标准将开始逐年提高，每年增加6个月，直至2039年定格为20年。这意味着，在2030年至2039年期间退休的灵活就业人员，其养老保险的最低缴费年限将介于15年至20年之间。

对于2040年以后退休的灵活就业人员，虽然目前尚未有明确的政策规定养老保险的最低缴费年限是否会继续提高至25年，但根据政策调整的趋势来看，不能排除未来进一步提高的可能性。然而，具体的调整幅度和时间表将取决于国家政策的制定和实施。

因此，对于灵活就业人员而言，建议密切关注国家政策的变化，并合理规划自己的养老保险缴费计划。同时，也可以考虑通过配置年金险等商业养老保险来为自己的养老生活提供更多的保障。