灵活就业社保和农村合作医疗是冲突的 。灵活就业社保已经包括了基本医疗保险，与农村合作医疗（新农合）冲突，不能同时享受两者待遇。如果已参加灵活就业社保，不交农村合作医疗不会影响城镇地区的医疗保障，但在农村地区可能缺乏保障。是否继续缴纳农村合作医疗，应根据个人需求和生活环境决定。