工厂社保（即职工社保）和农村医保（新型农村合作医疗） 存在冲突 ，具体如下：
- 医疗保险冲突 ：
- 社保中的医疗保险（包括城镇职工基本医疗保险等）和农村医保中的医疗保险不能同时享受。如果同时参保，在治疗结束后只能选择其中一项进行报销。
- 养老保险冲突 ：
- 如果参加了农村养老保险，也与社会保险中的养老保险相冲突，不能同时享受这两项待遇。
- 重复参保问题 ：
- 国家规定所有人不能重复参加两种医保，重复参保没有必要，且会增加经济负担和社会资源浪费。
建议 ：
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如果已经在工厂参加了社保，建议注销掉农村医保，只参加职工医疗保险，以享受更全面的社会保障和更高的报销比例。
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如果户口在农村，可以选择参加农村养老保险，但城市户口的劳动者不可以参加。
综上所述，工厂社保和农村医保在医疗保险和养老保险方面均存在冲突，建议选择其中一种进行参保，以避免重复参保带来的不必要的经济负担和资源浪费。
